根據政策，福州市將對大宗散貨中轉運輸進行補貼。尺度為：對通過水水中轉方式中轉至福州港以外的大宗散貨，按年完成的中轉量，給予碼頭裝卸企業每噸0.5元的補貼;中轉省外貨物的，碼頭裝卸企業還可享受省級的每噸0.3元的補貼。
為加大引航、拖帶用度優惠力度，在市場培育期內，福州港口治理局給予以下優惠：繼承在引航、拖輪收費上每年給予船公司約3000萬元的讓利;江陰港區自2013年1月1日起不再收取港區間的拖輪調遣費。 根據政策，福州市將對港口裝卸等用度實行差別化政策。福州港務團體每年將讓利2億元用于發展江陰港區和閩江口內港區集裝箱業務，其中對江陰港區集裝箱碼頭企業在新增航線裝卸費給予五折優惠。 港務團體讓利2億元發展港區業務 對于集裝箱海鐵聯運補貼，福州市對省外和省內地區經過福州港進出口的海鐵聯運集裝箱，按年度完成量給予承攬海鐵聯運業務的企業補貼，其中鐵路運距在400公里內的每標箱津貼250元，400公里以上至1000公里以內的每標箱津貼400元，1000公里以上的每標箱津貼600元。承攬省外集裝箱海鐵聯運業務的企業還可同時享受省級海鐵聯運每標箱100元的補貼。
福州市鼓勵船公司和碼頭公司加大攬貨力度，鼎力發展海鐵聯運、公水聯運、水水聯運等，同時加大對馬尾—江陰的水運補貼，吸引省內和省外箱源向江陰港區會萃。 根據政策，對新增已連續運營滿1年的遠洋干線，福州市將給予船公司一年內每航次船舶港口使費(主要三項，以下同)100%補貼，新增干線的船公司同時享受省級一次性首航補貼50萬元。對新增干線，在運營的第二年，給予該干線年內每航次船舶港口使費50%補貼;運營的第三年，給予該干線年內每航次船舶港口使費25%補貼。同時對江陰港區現有的干線，給予年內每航次船舶港口使費25%的鞏固補貼。對于近洋航線，福州市也將給予補貼。 遠近洋航線各有補貼 為了更好地檢修政策效果，補貼政策先試行一年(2012年7月1日至2013年6月30日)，到期后在對政策效果進行評估的基礎上再決定是否繼承執行優惠政策。 據悉，福州市的補貼政策包括發展航線、會萃箱源、支持馬尾內貿集裝箱運輸發展等方面的讓利優惠、鼓勵大宗散貨中改行務以及其他優惠政策。 福州港口出產發展補貼及優惠政策合用范圍為福州市行政轄區港口，即與“閩江口內(馬尾)港區”“羅源灣港區”“松下港區”“江陰港區”相關的港航物流企業。
